Berita Proklamasi 17 Agustus 1945 yang diterima oleh Kantor Berita Domei cabang Yogyakarta menimbulkan berbagai aksi, diantaranya: pengibaran bendera merah putih, perampasan bangunan dan pelucutan senjata tentara Jepang. Setelah benteng Vredeburg dikuasai oleh pihak RI, selanjutnya diserahkan kepada instansi militer ‘n dipergunakan sebagai asrama serta markas pasukan dengan kode staf ‘Q’, dibawah komando Letnan Muda I Radio. Tugas pasukan ini mengurusi perbekalan militer.
Pada masa Agresi Militer II, 19 Desember 1948, benteng Vredeburg menjadi sasaran bom Belanda sehingga kantor TKR yang ada didalamnya hancur. Tentara Belanda dibawah komando Kolonel Van Langen berhasil menguasai Yogyakarta termasuk benteng Vredeburg, yang selanjutnya benteng digunakan sebagai markas IVG (Informatie Voor Geheimen atau Dinas Rahasia Belanda). Disamping itu benteng Vredeburg juga difungsikan sebagai asrama prajurit ‘n tempat penyimpanan senjata barat (tank, panser ‘n kendaraan militer lainnya).
Setelah Belanda meninggalkan Yogyakarta (peristiwa Yogya Kembali, 29 Juni 1949) benteng Vredeburg dikuasai oleh APRI (Angkatan Perang RI) yang pengelolaannya diserahkan kepada Sekolah Militer Akademi. Setelah peristiwa G 30 S/PKI (tahun 1965) untuk sementara benteng Vredeburg digunakan sebagai tempat tapol (tahanan politik) dibawah pengawasan Dephankam.
Tahun 1976 diadakan studi kelayakan bangunan benteng, selanjutnya proses ke arah pelestarian bangunan benteng terus dijalankan. Tanggal 9 Agustus 1980 dilakukan penandatanganan perjanjian antara Sri Sultan Hamengku Buwono IX selaku pihak I ‘n Dr. Daud Jusuf (Mendikbud saat itu) sebagai pihak II tentang ‘Pemanfaatan bangunan bekas benteng Vredeburg sebagai pusat informasi dan pengembangan budaya nusantara’. Tahun 1981 bangunan bekas benteng Vredeburg ditetapkan sebagai Benda Cagar Budaya (BCB) berdasarkan Ketetapan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0224/U/1981, tanggal 15 Juli 1981. Tanggal 5 November 1984, Prof. Dr. Nugroho Notosusanto (Mendikbud pada saat itu) mengatakan bahwa bangunan bekas benteng Vredeburg akan difungsikan sebagai Museum Perjuangan Nasional. Dalam perjanjian serta surat Sri Sultan HB IX No. 359/HB/85, tanggal 16 April 1985, disebutkan bahwa perubahan-perubahan tata ruang gedung-gedung dalam kompleks benteng diijinkan sesuai dengan kebutuhan. Untuk selanjutnya dilakukan pemugaran bangunan untuk ditingkatkan fungsinya sebagai Museum. Tahun 1987 Museum dibuka ‘n dapat dikunjungi umum. 23 November 1992 bangunan bekas benteng Vredeburg resmi menjadi Museum Khusus Perjuangan Nasional berdasarkan SK Mendikbud RI (saat itu dijabat oleh Prof. Dr. Fuad Hasan) No. 0475/O/1992, dengan nama ‘Museum Benteng Yogyakarta’.
Keterangan gambar: Tangga naik yang terdapat pada bangunan barak prajurit, sekarang bangunan tsb difungsikan sebagai ruang pameran
